Upravljanje
Ustav BiH delegira odgovornost za pružanje zdravstvene zaštite na dva entiteta i Brčko Distrikt BiH. Ne postoji ministarstvo zdravlja na državnom nivou, iako je Ministarstvo civilnih poslova BiH nadležno za nacionalnu koordinaciju i međunarodne strategije koje se odnose na zdravstvo. Bosna i Hercegovina ima ukupno 13 fondova zdravstvenog osiguranja i 13 ministarstava ili odjela nadležnih za pružanje zdravstvenih usluga, u aranžmanu koji direktno prati ustavnu strukturu zemlje.
Ustav FBiH opisuje zdravstvenu zaštitu kao zajedničku odgovornost entiteta i kantona, uz podršku jedanaest ministarstava zdravstva i jedanaest fondova zdravstvenog osiguranja: po jedan fond u svakom kantonu i na nivou entiteta kroz “Fond solidarnosti”. Sistem je osmišljen da izjednači pristup najsofisticiranijoj zdravstvenoj zaštiti i da plati prioritetne programe javnog zdravlja kao što je imunizacija. Pružanje usluga se uveliko razlikuje po kantonima u smislu pristupa, kvaliteta i cijene, a neki kantoni zahtijevaju godišnju naknadu kao i participaciju za širok spektar usluga. RS ima jedno ministarstvo zdravlja i jedan fond zdravstvenog osiguranja, dok Brčko distrikt BiH ima jedno odjeljenje nadležno za zdravstvo i jedan fond zdravstvenog osiguranja.
Sve tri administrativne jedinice koje čine državu Bosnu i Hercegovinu imaju svoj Zakon o zdravstvenoj zaštiti koji primjenjuju, dok su strategije unapređenja podijeljene na različite vrste zdravstva i nalaze se u okviru različitih strateških dokumenta.
Zdravstveni sistem uključuje fondove osiguranja, zdravstvene ustanove i osoblje. Struktura zdravstvenih ustanova u oba entiteta odražava model i sistem bivše Jugoslavije koji su činili specijalistički klinički centri, specijalističke i opće bolnice, domovi zdravlja i manje ambulante. Postoji i mreža zavoda za javno zdravlje koji su nadležni za praćenje i nadzor, zdravstvenu zaštitu, prevenciju bolesti i promociju zdravlja. Ovi zavodi su geografski raspoređeni sa Centralnim zavodom za javno zdravstvo FBiH koji se nalazi u Sarajevu i kantonalnim zavodima za javno zdravstvo u Srednjobosanskom, Posavskom, Sarajevskom, Tuzlanskom i Zeničkom kantonu, dok se Centralni zavod za javno zdravstvo RS nalazi u Banja Luci sa pet filijala raspoređeni po cijelom entitetu. Zdravstvena pitanja u RS su centralizovana i postoje na nivou cijelog entiteta. Dakle, centralizirani sustav zdravstvenog osiguranja u RS je mnogo povoljniji za osiguranike u odnosu na osiguranike u FBiH. Zdravstvena pitanja u Brčko Distriktu BiH regulira Vlada Brčko distrikta s obzirom na specifičnost uređenja ove lokalne zajednice. Javne zdravstvene ustanove nalaze se u gradu, dok svaka seoska zajednica u okrugu ima Dom zdravlja u kojem građani imaju pristup primarnoj i hitnoj zdravstvenoj zaštiti. Javne zdravstvene ustanove funkcionišu neovisno od entiteta, ali sa njima, kao i sa susjednim prekograničnim državama, Odjel za javno zdravstvo ima potpisane ugovore o saradnji u kojima građani mogu dobiti zdravstvene usluge koje distrikt ne pruža.
Međusektorska suradnja
Prema članu 15. Zakona o ministarstvima i drugim tijelima uprave, Ministarstvo civilnih poslova BiH nadležno je za obavljanje poslova i zadataka koji su u nadležnosti BiH, a odnose se na definiranje osnovnih principa koordinacije aktivnosti, usklađivanje planova entitetskih organa i definiranje strategije na međunarodnom nivou u oblastima: zdravstva i socijalne zaštite, penzija, nauke i obrazovanja, rada i zapošljavanja, kulture i sporta, geodezije, geoloških i meteoroloških poslova.
Sektor za zdravstvo Ministarstva civilnih poslova omogućava, na državnom nivou, nadzor i koordinaciju zdravstvenog sektora, predstavljanje BiH na međunarodnom nivou u oblasti zdravstva, kao i osiguravanje bolje usklađenosti zdravstvene zaštite sa standardima međunarodne zajednice i ispunjavanje međunarodnih obveze.