Управљање
Устав БиХ делегира одговорност за пружање здравствене заштите на два ентитета и Брчко Дистрикт БиХ. Не постоји министарство здравља на државном нивоу, иако је Министарство цивилних послова БиХ надлежно за националну координацију и међународне стратегије које се односе на здравство. Босна и Херцеговина има укупно 13 фондова здравственог осигурања и 13 министарстава или одјела надлежних за пружање здравствених услуга, у аранжману који директно прати уставну структуру земље.
Устав ФБиХ описује здравствену заштиту као заједничку одговорност ентитета и кантона, уз подршку једанаест министарстава здравства и једанаест фондова здравственог осигурања: по један фонд у сваком кантону и на нивоу ентитета кроз “Фонд солидарности”. Систем је осмишљен да изједначи приступ најсофистициранијој здравственој заштити и да плати приоритетне програме јавног здравља као што је имунизација. Пружање услуга се увелико разликује по кантонима у смислу приступа, квалитета и цијене, а неки кантони захтијевају годишњу накнаду као и партиципацију за широк спектар услуга. РС има једно министарство здравља и један фонд здравственог осигурања, док Брчко дистрикт БиХ има једно одјељење надлежно за здравство и један фонд здравственог осигурања.
Све три административне јединице које чине државу Босну и Херцеговину имају свој Закон о здравственој заштити који примјењују, док су стратегије унапређења подијељене на различите врсте здравства и налазе се у оквиру различитих стратешких документа.
Здравствени систем укључује фондове осигурања, здравствене установе и особље. Структура здравствених установа у оба ентитета одражава модел и систем бивше Југославије који су чинили специјалистички клинички центри, специјалистичке и опште болнице, домови здравља и мање амбуланте. Постоји и мрежа завода за јавно здравље који су надлежни за праћење и надзор, здравствену заштиту, превенцију болести и промоцију здравља. Ови заводи су географски распоређени са Централним заводом за јавно здравство ФБиХ који се налази у Сарајеву и кантоналним заводима за јавно здравство у Средњобосанском, Посавском, Сарајевском, Тузланском и Зеничком кантону, док се Централни завод за јавно здравство РС налази у Бања Луци са пет филијала распоређени по цијелом ентитету. Здравствена питања у РС су централизована и постоје на нивоу цијелог ентитета. Дакле, централизирани систем здравственог осигурања у РС је много повољнији за осигуранике у односу на осигуранике у ФБиХ. Здравствена питања у Брчко дистрикту БиХ регулише Влада Брчко дистрикта с обзиром на специфичност уређења ове локалне заједнице. Јавне здравствене установе налазе се у граду, док свака сеоска заједница у округу има Дом здравља у којем грађани имају приступ примарној и хитној здравственој заштити. Јавне здравствене установе функционишу независно од ентитета, али са њима, као и са сусједним прекограничним државама, Одјел за јавно здравство има потписане уговоре о сарадњи у којима грађани могу добити здравствене услуге које дистрикт не пружа.
Међусекторска сарадња
Према члану 15. Закона о министарствима и другим органима управе, Министарство цивилних послова БиХ надлежно је за обављање послова и задатака који су у надлежности БиХ, а односе се на дефинисање основних принципа координације активности, усклађивање планова ентитетских органа и дефинисање стратегије на међународном нивоу у областима: здравства и социјалне заштите, пензија, науке и образовања, рада и запошљавања, културе и спорта, геодезије, геолошких и метеоролошких послова.
Сектор за здравство Министарства цивилних послова омогућава, на државном нивоу, надзор и координацију здравственог сектора, представљање БиХ на међународном нивоу у области здравства, као и осигуравање боље усклађености здравствене заштите са стандардима међународне заједнице и испуњавање међународних обавеза.